Армения приняла христианство от Византии в 301 году и с этого времени христианство становится государственной религией Армении. Епископ Григорий Просветитель был первым католикосом всех армян и созданная им церковь называется армяно-григорианской.

Армяно-григорианская церковь была едина с восточно-православной византийской церковью до VI века. Расхождения её с православной и католической церковью произошло из-за признания Христа Богом, а не Богочеловеком. Армянская церковь раскололась на армяно-григорианскую и армяно-католическую.

В XI веке армянские беженцы с Кавказа попадают в Крым, с тех пор армянская община Гезлёва растёт и пополняется новыми переселенцами. Армянская община селилась за пределами города, за городской стеной.

  В 1736 году, русские войска под командованием генерал-фельдмаршала Б. Миниха взяли Гезлёв. Татары в панике покинули город, но уходя, они подожгли лавки христианских купцов и христианские церкви, в том числе и армянский храм. За 5 дней пребывания в городе русские сожгли и разрушили мусульманские мечети и дома мусульман.

После ухода русских войск из Гезлёва снова вернулись татары и устроили расправу над христианами. Захватили армянскую церковь и превратили её в мечеть.

Во время царствования Екатерины II христиане Крыма, в том числе и армяне из Евпатории 1340 человек, были переселены в Азовскую губернию.

В своем рапорте от 25 июня 1795 года городские власти города доносили: «Пожелавшие остаться по г. Евпатории в купеческом и мещанском звании нахичеванские армяне, находят главною причиною, что они будучи издревле здешние уроженцы и зная совершенно производство здешнего торгового промысла, имеют более способов производить оную и через то приобресть капитал.»

Армяне активно занимаются крупной торговлей, держат в Евпатории караван-сараи, торговые лавки, медные мастерские и другие промыслы.

В 1825 году в Евпатории существовала армянская община, состоявшая из 90 домов и недостроенной армянской церковью.

На месте деревянной первой армянской церкви , сгоревшей в 1704 году, армянская община заложила фундамент нового храма в 1817 г. , но денег не хватало и строительство новой церкви растянулось на долгие годы.

Храм построен из хорошо обтёсанных белых блоков известняка. Купольная базилика выполнена в стиле напоминающем античную, византийскую классическую архитектуру.

На восточной стене церкви находится каменное резное изображение креста – Хачкар, дословно «крест-камень».

Церковь имеет три двери: центральную, выходящую на запад и две боковых, выходящие на север и юг и колонный двор. Над входами возвышается портики с крестовыми сводами. Звонница укреплялась на западном портике.

Закончилось строительство новой Армянской церкви Сурб-Никогайос (Св. Николая) только в 1830г.

В 1855 году, во время Крымской войны Евпатория была под контролем англо-франко-турецких войск, а в армянской церкви стоял на постое французский гарнизон.  На одной из стен армянской церкви сохранились надписи времен Крымской войны. На камнях отчетливо проступает дата «1855» и имена французских солдат Рикарди, Фабри и Филиппа.

Евпаторийское отделение Крымского национально-культурного армянского общества основано в 1992 году, по инициативе председателя армянской общины Склярука Александра Семеновича. Сейчас председатель Евпаторийского городского армянского общества Гамлет Бозоян. (адрес армянского общества: ул. Интернациональная, 44).

Армянский храм Сурб-Никогайос в Евпатории передан верующим в 2019 году

По благословению Главы Российской и Ново-Нахичеванской Епархии Армянской церкви архиепископа Езраса Нерсисяна и инициативе священника Анании Бабаяна на средства благотворителя из Воронежа Андраника Кананяна на колокольне церкви Сурб Никогайос в Евпатории были установлены колокола.

Главный колокол весом 165 кг. в честь Святого Николая, средний весом в 60 кг. в честь Святого Месропа Маштоца и малый весом в 30 кг. в честь Святого полководца Вардана Мамиконяна.

 Армянская церковь Сурб-Никогайос (Св. Николая)  находится по адресу ул. Интернациональная,44., тел.3-3856.