У караимов сложная история, это касается и происхождения караимского народа, и религии, и языка, и караимской культуры. Самоназвание народа «карай», «карайлар», возможно, связывает караимов с крупным древним тюркским племенем Керей, Кереит(ы). Возможно, эти два слова смешались в «караи», а в современном самоназвании — «караимы».

Этническое происхождение караимов отражает сложные взаимосвязи их предков, с предками многих древних тюркских народов. К средневековым предкам караимов можно отнести племена кыпчаков, балкар (или булгар), куманов, половцев, печенегов, торков. Все эти племена в средние века жили на обширных территориях прикаспийских степей, между Чёрным морем и Поволжьем, между Дунаем и рекой Сыр–Дарья.

Караимский этнос формировался в средние века на территории Хазарского каганата, население которого было разнородным по племенному составу. Учёные предполагают, что современные караимы – потомки тюркских племен Хазарского Каганата.

Своим «родовым гнездом» караимы считают пещерный город Джуфт-Кале, или Чуфут-Кале, что в переводе означает «еврейская крепость» (çufut — еврей, qale — крепость). Крепость  Чуфут-Кале находится  в 2,5 км к востоку от Бахчисарая.  Пещерный город возник примерно в V—VI веках, как укреплённое поселение на границе с владениями Византии. В византийских письменных источниках V—VI веков упоминается об укреплённом поселении Фулла в горном Крыму, возможно, это и есть первое упоминание о Чуфут-Кале.

Оградив себя от влияния Хазарского Каганата, караимский народ  сформировался в 8-12 вв. н.э. в горном Крыму. В крепости Чуфут-Кале хорошо сохранились две караимсие кенасы (караимский храм) и одна жилая усадьба, состоящая из двух домов.

До конца 18 века крепость Джуфт-Кале была центром крымских караимов, а неподалеку от крепости, в Иосафатовой долине, находится древнейшее караимское кладбище. В крепости существовал монетный двор, где чеканились крымские монеты, и была построена первая в Крыму типография.

В одной из усадеб крепости Чуфут-Кале, постройки XVIII века, жил до конца своих дней известный караимский учёный Авраам Самуилович Фиркович (1786—1874).

Со временем караимы из крепости Чуфут-Кале расселились по всему Крыму, основав свои национальные общины в Балаклаве, Судаке, Феодосии, Солхате, Гёзлёве (Евпатория) и ряде крымских деревень. Караимские Кенасы в Евпатории являются религиозным центром караимов Крыма, они входят в экскурсионный туристический маршрут «Малый Иерусалим» — самый популярный среди туристов.

Замок князя Витовта на острове Трокай- Trоkai-Troki

В 13 веке часть караимских семей мигрировала в Галицию. В 14 веке литовский великий князь Витовт привёз несколько семей караимов в Литву и поселил их на острове Тракай, где находился его княжеский замок.

После присоединения Крыма к России (1783 г.) караимам необходимо было провести грань между своей религией и ортодоксальным иудаизмом. Караимская религия почти сразу была признана самостоятельной религией, в связи с тем, что богослужение у караимов ведется на древнееврейском языке Библии. В паспортах караимов с тех пор указывалось: «вероисповедания караимского».

В 1795 году российская императрица Екатерина II освободила караимский народ от двойного налога и разрешила владеть таврическими землями, на которых они проживали.

В 1837 году на полуострове было учреждено Таврическое караимское Духовное Правление. В иерархии караимского духовенства Российский Сенат провел аналогию с мусульманским духовенством, так у мусульман — муфтий, а у у караимов — гахам.

Крымские караимы – один из самых малочисленных тюркских народов, считает Давид Тирияки, руководитель религиозной общины караимов Евпатории. В Крыму проживает несколько сотен караимов, а на Украине – не более одной тысячи человек. Во всём мире насчитывается около 2000 караимов, все они в разные годы выехали из Крыма.