26 ноября 1963 года началась работа над созданием детской телепередачи «Спокойной ночи, малыши!»  Идея создания в СССР программы для малышей появилась после того, как главный редактор редакции программ для детей и юношества Валентина Федотова посетила ГДР, где увидела мультипликационный сериал о песочном человечке (Sandmännchen), который традиционно приходит к детям вечером и сыплет песок в глаза, отчего детям хочется спать.

Художественный руководитель студии кукольной анимации для телевидения ГДР Герхард Берендт (1929-2006 ) – создатель Песочного человечка.

Песочный человечек (нем. Sandmännchen) рассказывал детям интересную историю, затем высыпал из мешочка свой волшебный песок и дети засыпали. Основанный на немецком фольклоре образ Песочного человека встречался и в западной литературе. Своеобразной версией Песочного человека был Оле-Лукойе Ганса Христиана Андерсена. 22 ноября 1959 г. в ГДР вышла передача «Наш Песочный человечек».

Инициатива создания детской телепередачи в Советском Союзе принадлежала главному редактору редакции программ для детей и юношества Валентине Фёдоровой.

С 26 ноября 1963 года началась работа над программой — детские писатели и сценаристы писали первые сценарии, художники кукольники и декораторы готовили эскизы декораций и кукол главных героев программы. У самых истоков создания программы стояли детские писатели, поэты и сценаристы — Александр Курляндский, Эдуард Успенский, Андрей Усачев, Роман Сеф, Павел Барто и другие.
Создатели программы долго спорили о названии. Вариантов было несколько: «Вечерняя сказка», «Спокойной ночи», «Сказка на ночь», «В гостях у волшебного человечка Тик-Так».
Накануне первого эфира 1 сентября 1964 года имя у детской программы нашлось: «Спокойной ночи, малыши!».

Первым диктором единственной в Советском Союзе программы для самых маленьких детей стала Нина Кондратова.
С 1964 по 1991 год производством передачи занималось Гостелерадио СССР. Передача начала выходить по Второй программе Центрального телевидения СССР.
Изначально не было технической возможности для записи программ, поэтому они выходили только в прямом эфире и то в виде картинок с закадровым текстом.

Затем появились кукольные спектакли и небольшие пьесы, в которых играли артисты МХАТа и Театра Сатиры. В кукольных спектаклях принимали участие кукол изготовленных в театре Сергея Образцова — Буратино,  Шустрик и Мямлик.

Актёр Юрий Григорьев

И только в конце 60-х годов ХХ века в передаче стали появляться знакомые всем куклы: пёс Филя (1968), зайка Степашка (1970), поросёнок Хрюша (1971) и ворона Каркуша (1982). Иногда принимал участие в программе кот Цап-Царапыч, ёжик Чучуня, мальчик Ерошка и другие.

Озвучивали кукол актеры московских театров, Театра кукол Образцова — Григорий Толчинский и  Игорь Голуненко — Филя, Наталья Державина — Хрюша, Наталья Голубенцева — Степашка, Гертруда Суфимова — Каркушу, а ведущими стали Владимир Ухин, Валентина Леонтьева, Ангелина Вовк, Татьяна Судец, Татьяна Веденеева, Юрий Николаев и другие.  Многие актеры уже ушли из жизни, сегодня Филю озвучивает Сергей Григорьев, Хрюшу – Оксана Чабанюк, а Каркушу – Галина Бурмистрова.

А в 2002 году слаженный коллектив пополнился новым героем Мишуткой. К дружной компании зверюшек 1 июня 2009 года присоединился мальчик Бибигон – символ детского канала ВГТРК. В октябре 2014 года тигрёнок Мур, прототипом которого стал исчезающий амурский тигр.

Наибольшую популярность передача завоевала в первой половине 70-х годов прошлого века, ведущим программы был актёр Борис Рунге, в роли дедушки Так-Така, а его «соведущим» — пёс Кузя. Дедушка Так-Так исполнял в конце песню «Спят усталые игрушки». Телепередача в то время представляла собой маленькую интермедию, как правило, на морально-воспитательную тему, и показ мультфильма. В разные годы над передачей работали режиссёры Исаак Магитон, Иосиф Бейдер, Пётр Соседов, операторы Александр Фукс, Дмитрий Гуторин и др.

Потом же ведущих было больше: Валентина Леонтьева (тетя Валя), Владимир Ухин (дядя Володя), Светлана Жильцова, Татьяна Веденеева (тетя Таня), Ангелина Вовк (тетя Лина), Татьяна Судец (тетя Таня), Юрий Григорьев (дядя Юра), Юрий Николаев (дядя Юра), Юлия Пустовойтова, Дмитрий Хаустов. В настоящее время ведущими являются: актриса Анна Михалкова, телеведущая Оксана Федорова, актёр Виктор Бычков, до 2016 года Дмитрий Маликов, его заменил Николай Валуев.В 2018 году пришел Михаил Пореченков.

На телеканале «Культура» показываются исключительно мультфильмы российского производства.

Несмотря на очень высокий рейтинг и огромную любовь детей и взрослых к программе «Спокойной ночи, малыши!», в начале 2000 годов программа оказалась на грани закрытия. Точно понимая значение и масштаб этой детской телепередачи», генеральный директор ВГТРК Олег Добродеев спас детскую программу  от закрытия.

С 2000 года передача «Спокойной ночи, малыши!» выходит при поддержке Министерства по делам печати, телерадиовещания и средств массовых коммуникаций (с марта 2004 по июнь 2021 года — Федерального агентства по печати и массовым коммуникациям.