В 2012 году Керченский морской торговый порт отметил 190-летие со дня  своего основания.

10 октября 1821 года российский император Александр подписал именной указ сенату об открытии порта в Керчи, «…признав полезным для улучшения торговли нашей на Чёрном и Азовском морях…». В 1821 году завершилось строительство Большой гавани  Керченской бухты. В 1874 — 1877 годах построен канал Керчь – Еникале. В 1903 году начаты работы по углублению канала и реконструкции порта, был возведён Новый Генуэзский мол и Широкий мол.

В 20 веке было много сделано для расширения пассажиропотока и  увеличения объёма грузоперевозок через керченский морской порт. В послевоенный период (1945-1947 г.г.) в морском порту были восстановлены поврежденные гидротехнические сооружения Широкого мола. Проведены работы по тралению и углублению каналов порта и гавани. В 60-х годах 20 века построены новые 4 и 5 пинии причалов, а в 70-х годах построен Новый Широкий мол, 6 и 7причалы. Керченский порт был оснащен большим парком новой перегрузочной техники, закуплены современные краны, погрузчики. В 80-х годах 20 века через керченский порт шёл большой объём товарооборота внешней торговли СССР со странами Ближнего Востока, Средиземноморья и Северной Африки.

С 1969 по 1985 годы в керченском порту введены в эксплуатацию 4 глубоководных причала, заработали 18 новых портальных кранов, были смонтированы 4 металлических склада для грузов. В 1980 году построен и сдан в эксплуатацию глубоководный причал №8 длиной 212 метров, способный принимать крупнотоннажный флот.

После распада Советского Союза, Керченский морской порт перешёл в собственность Украины, и значительно снизился грузопоток в Керченском морском торговом порту. Морской порт требует не малых капиталовложений, постоянного обновления инфраструктуры, замены старого оборудования и механизмов. На первом плане стоит безопасность судоходства, транспортировки грузов, погрузочно-разгрузочных работ и переработки грузов в порту. Для этих целей в морском порту построена Станция регулирования движения судов, значительно пополнен флот лоцманских катеров, обустроена якорная стоянка №471 в южной части Керченского пролива. На 43 якорных стоянках ведутся погрузочно-разгрузочные работы на сухогрузах с максимальной осадкой до 18 метров. Значительно выросли мощности керченского порта с 2002 года, когда были восстановлены три причала и создан производственный перегрузочный комплекс №2, на базе которого перерабатывается около 400 тысяч тонн  генеральных и навалочных грузов.

В 2007 году в морском порту начато создание комплекса железнодорожной паромной переправы Керчь — Поти — Батуми. По результатам 2007 года Керченский морской торговый порт (КМТП) переработал 4,9 миллиона тонн грузов, что стало наилучшим показателем за всю его историю. 3 апреля 2009 года железнодорожная паромная переправа заработала на полную мощность, её грузооборот превышает 30 тысяч тонн в месяц.

По данным Министерства инфраструктуры Украины, за 9 месяцев 2011 года Керченский морской торговый порт добился роста объёмов переработки грузов на 9,4%. КМТП вышел в лидеры среди украинских портов по росту уровня переработки транзитных грузов. В январе-сентябре 2011 года в КМТП обработано на 182,6% больше грузов, чем за январь-сентябрь 2010 года.

В КМТП проведён большой объём работ по обустройству инфраструктуры морского вокзала в Керчи для возобновления пассажирского сообщения между Керчью и морскими портами России. Керченский порт принимает круизные суда зарубежных круизных компаний.

В 2011 году возобновлено морское сообщение на линии «Порт Керчь — порт Кавказ». В 2008 году в КМТП построен таможенный пассажирский пункт пропуска. А с 16 июля 2010 года на линии «Порт Керчь — порт Кавказ» начал ходить по расписанию катер «Диспетчер Крыштопа». Пассажиры из Крыма могут легко переправиться на Таманский берег и посетить курорты Кавказского побережья Чёрного и Азовского морей.

На таможенных постах нет толкотни, а таможенная проверка не занимает много времени. Пассажиры не довольны высокой стоимостью билетов и неудобным временем отправки катера,  совпадающим с прибытием автобуса в порт. Катер «Диспетчер Крыштопа» имеет приписку к российскому порту Темрюк, был построен в Ростове-на-Дону на заводе «Красный моряк» в 1990 году и сначала базировался в Новороссийске под названием «Рейдовый-38″, в ноябре 1990 года был переименован в «Диспетчер Крыштопа». Пассажирский катер способен развивать скорость до 9,0 узлов, экипаж состоит из 3 человек, длина судна 23,15 метров, принимает на борт до 70 пассажиров.

В 2012  году продолжаются переговоры между Украиной и Россией по расширению морского транспортного сообщения между Крымом и Россией по маршруту «Анапа-Сити».

Российская сторона планирует вводить пассажирские перевозки между Керчью и Сочи, Анапой, Новороссийском, Геленджиком, Ростовом-на-Дону, Таганрогом.

Специалисты порта разработали программу развития предприятия КМТП до 2015 года. В программе развития предусмотрены меры по расширению мощностей морского порта в 2 раза. Сохранение инфраструктуры морского порта, расширение его мощностей требуют постоянного финансирования, как со стороны государства, так и со стороны инвесторов.