Встреча А.Суворова и Ф.Ушакова в Севастополе» на картине Владимира Илюхина 1952 года.

 Ещё 1778 году Александр Суворов выбрал Ахтиярскую бухту в Крыму, как военно-стратегический объект для размещения русских войск и Черноморского флота России. В конце 1782 года в Ахтиарской бухте на зимовку расположились два русских военных корабля — «Храбрый» и «Осторожный». В 1783 году фрегат «Осторожный» под командованием капитана II ранга Ивана Берсенева осмотрел бухту у селения Ахтиар и рекомендовал её в качестве стратегической базы для кораблей будущего Черноморского флота. 

После того, как в 1783 году Шагин-Гирей отрекся от престола и уехал жить в Петербург, Крымский полуостров и прилегающие к нему земли были взяты под юрисдикцию Российской империи. Императрица Екатерина II подписала Манифеста от 8(19) апреля 1783 года о вхождении Крымского полуострова в состав Российской империи.

2 мая 1783 года в Ахтиярскую бухту вошла эскадра кораблей Азовской флотилии под командованием вице-адмирала Ф.А. Клокачева. Русскую эскадру приветствовали офицеры Крымского корпуса, под командованием Александра Суворова.

14 июня 1783 года были заложены первые каменные постройки будущего Севастополя — дом командующего, часовня, кузница и Графская пристань. Первым командиром Севастопольского порта стал контр-адмирал Фома Фомич Мекензи (англ. Thomas MacKenzie — Томас Мекензи, шотландец; 1740 — 1786). Под его руководством судовые команды расчищали берега от леса, начали строить магазины, госпиталя, казармы и жилые дома для офицеров, устраивать каменоломни и печи для выжигания извести.

 21 февраля 1784 года по указу императрицы Екатерины II посёлку Ахтиар было присвоено греческое название Севастополь. Название города состоит из двух греческих слов «Севастос» — «высокочтимый, священный» и «полис» — «город». Одновременно слово «Севастос» — эквивалент латинского титула «Август», поэтому Севастополь означает и «августейший город», «императорский город». Название города также можно перевести как «величественный город», «город славы».

Фома Фомич Мекензи сын контр-адмирала Фомы Калиновича Мекензи и Анны, урождённой Янг (внучки Томаса Гордона, ещё одного шотландского адмирала на русской службе по происхождению шотландец.
Родился Томас Маккензи 18 (29) февраля 1740 года в Архангельске, где в то время (с 1740 по 1743 г.) служил  его отец на 66 пушечных кораблях типа «Слава России»: «Св. Исаакий» и «Екатерина», в плавании между Архангельском и Колой.
Томас Маккензи поступил на флот в 1765 году мичманом, служил в Балтийском флоте, командовал брандвахтенным трофейным фрегатом «Ульриксдаль» и пинком «Венера».

В чине капитан-лейтенанта Томас Мекензи принимал участие в русско-турецкой войне 1768—1774 годов, где участвовал в ряде морских сражений, в том числе и у Наполи-ди-Романья; в Чесменском бою находился в подчинении контр-адмирала С. К. Грейга.

В 1769 году на корабле «Не тронь меня» в составе эскадры контр-адмирала Джона Эльфинстона (шотл. John Elphinstone; 1722 — 1785), Томас Мекензи совершил переход из Кронштадта в Портсмут, где был переведён на корабль «Святослав», на котором в составе той же эскадры пришёл в Средиземное море. Эскадра контр-адмирала Эльфинстона получила задание привести подкрепление уже находившейся в турецких водах эскадре адмирала Г. А. Спиридова. В ночь с 6 (25) на 7 (26) июня 1770 года адмирал Спиридов командовал русским эскадрой в победоносном Чесменском сражении, где был уничтожен весь турецкий флот. Потери русских составили всего 11 человек, тогда как турок — по около 11 тысяч, включая раненых. За эту победу адмирал Спиридонов был награждён орденом Святого Андрея Первозванного, а императрица Екатерина II в честь Чесменского боя приказала воздвигнуть Чесменскую церковь и памятную победную Чесменскую колонну.

В Чесменском сражении Томас Мекензи командовал брандером, был ранен во время атаки на турецкий корабль. 9 июля 1771 года он был награждён орденом св. Георгия IV класса (№ 115 по кавалерскому списку Судравского и № 136 по списку Григоровича — Степанова)

« В Чесменском порте, будучи употреблен в посылку в турецкий флот с брандером в производившуюся атаку, зажёг неприятельский корабль. »

За отличие в Чесменском сражении Томас Мекензи был произведён в капитаны 2 ранга.

В 1776 году Томас Мекензи привёл из Архангельска в Ревель три новых фрегата. «За неразлучное в пути прибытие фрегатов к своим портам» Мекензи объявлена похвала от адмиралтейств-коллегии. Произведённый 21 апреля 1777 года в капитаны 1 ранга, Томас Маккензи в том же году был назначен командиром корабля «Дерись», на котором в следующем году совершил переход из Кронштадта в Лиссабон.

Произведённый 28 июня 1782 года в капитаны генерал-майорского ранга, Томас Маккензи 1 января 1783 года переименован в контр-адмиралы с назначением для службы в Черноморский флот. Приняв эскадру из 9 фрегатов и нескольких мелких судов, с которыми ему предстояло перезимовать в почти необитаемой Ахтиарской бухте, Томас Маккензи с помощью судовых команд начал расчистку берегов от леса и 3 июня 1783 года положил начало новому городу — Севастополю.

Оставаясь начальником эскадры и держа свой флаг на фрегате «Крым», Мекензи был в сущности первым главным командиром Севастопольского порта.

По инициативе Мекензи приступили к постройке адмиралтейства, магазинов, госпиталя и церкви, а также казарм и жилых домов для офицеров; его заботами устроены были каменоломни и печи для выжигания извести, а хорошо налаженное хозяйство на отведённых морскому ведомству землях давало большую часть предметов, необходимых для снабжения тогдашнего деревянного флота и питания команд.

Для Мекензи в Севастополе был построен дом, в котором впоследствии останавливалась императрица Екатерина II, а против этого дома начата каменная пристань, законченная графом Войновичем и названная Графской.

Недостаток средств, настоятельные требования жизни и службы, для удовлетворения которых Мекензи не жалел не только сил, но и отчасти своей репутации, не останавливаясь перед формальными упущениями для достижения лучших результатов, дали повод к обвинениям Мекензи в неправильном расходовании казённых сумм — это преждевременно подорвало его здоровье.

Мекензи умер 10 (21) января 1786 года в Севастополе. Памятью о его трудах осталось название Мекензиевых гор вокруг Севастополя, на которых находился его хутор, данный Мекензи Г. А. Потёмкиным в награду за службу.

В 1804 году в Севастополь из Херсона перевели главную базу Черноморского флота. Севастополь долгое время был военным портом, обеспечивающим флот. Международного торгового порта в Севастополе не было до 1867 года.